Program Studi Magister Administrasi Pendidikan (AP) FKIP Universitas Tanjungpura diselenggarakan berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Perguruan Tinggi No.1692/D/T/2009 . Tanggal 17 September 2009, tentang ijin penyelenggaraan Program Studi Administrasi Pendidikan (S2).

Berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi  Nomor: 012/SK/BAN-PT/Ak-X/M/I/2013  Tentang Nilai dan Peringkat Akreditasi Program Studi Pada Program Magister mendapat Nilai dan Peringkat Administrasi “B” (baik) berlaku sejak 10 Januari 2013.